Au cœur du zoo de Central Park, à New York, Skipper, Kowalski, Rico et Private forment une équipe secrète d’agents très spéciaux.
Sous leurs airs mignons de pingouins, ils mènent en réalité des missions.

Ils affrontent des ennemis, résoudre des situations improbables et sauver la situation grâce à des plans absurdes, beaucoup d’action et un humour décalé. Malgré le chaos, l’équipe reste soudée et prouve que l’amitié et la coopération font toujours la différence.